開創当初は天台宗に属していた当山はその後、いつの頃からか甲斐源氏による武運長久の祈願寺として深く崇敬され、禅宗へと転じることとなります。室町末期の天文年間(1532〜1554)に入ると火災によって諸堂すべてを消失しましたが、その再興に向けては武田信虎が印判状（現存）を与えて励ましたといわれています。時の紹謹禅師をはじめとする寺僧などが尽力して全国に勧進のうえ、やがて伽藍は再建。永禄元年（1558）には武田信玄が武運長久を祈願する文書を納めているので、完成はこの頃と推定されます。また、現在の本堂、庫裏、書院、仁王門はこの時期の建立と考えられています。

天正十年（1582）には武田勝頼が一族とともに天目山麓の合戦で敗れ自刃。その折、家臣たちが再興を期して武田家の重宝をひそかに当山へ納めたといわれています。後令泉天皇から清和源氏源頼義へ下賜された日本最古の「日の丸の御旗」をはじめ、武田の軍旗「孫子の旗」、「諏訪神号旗」、「馬印旗」といったこれら武田家の重宝は現在でも、平成8年に新設された宝物殿内に保存されています。

昭和24年には本堂、庫裏、書院、仁王門が日本の重要文化財に指定されました。また、昭和29年4月からは満4ヵ年余りをかけ、永久にその価値を後世に伝えんと大修理解体工事が行われ、旧規に基づいて本堂が復元されています。